战场上的尘埃落定，西拉的故事也以一种近乎童话的方式，画上了句号。
苏启和阿斯卡驾驶着EVA，准备返回NERV，接下来，还有一大堆麻烦事在等着他处理。
正木敬吾虽然倒了，但他在NERV内部留下的影响力还在，他需要安抚那些因为“神明”陨落而陷入信仰崩塌的成员；
全球理事会那边，也一定会就这件事情，对他这个首席科学家进行最严厉的质询；
而他自己，也需要借着这个机会，想办法说服那些疑心重重的政客，让自己顺理成章地接管NERV，成为新的总司令。
千头万绪，都需要他去应对。
可就在这时，异变突生！
初号机驾驶舱内，一直平稳运行的各项数据，突然开始疯狂地跳动！刺耳的红色警报声瞬间响彻了整个驾驶舱！
“警告！警告！检测到未知生物信号入侵！”
“驾驶员神经连接被强制接管！”
“A10神经脉冲同步率异常！”
“怎么回事？！”苏启的瞳孔骤然收缩，他立刻试图查看机体状态，却惊骇地发现，自己与初号机的连接正在被一股外力强行切断，那些原本如同臂使的控制系统，在这一刻变得无比滞涩、陌生，甚至开始反抗他的指令！
那感觉，就像一个黑客，在自己的大脑里安装了一个后门程序，正在疯狂地夺取“最高管理员权限”！
一直潜伏在初号机内部，附着在“雷丘兰星人能量核心”上的比佐摩幼体，终于露出了它狰狞的獠牙！
它在初号机与邪恶迪迦的激战中，悄悄地汲取着逸散的能量，早已完成了数次分裂与进化。
本来，在苏醒的第一时间，它就想入侵了，但它那趋利避害的本能，让它在感受到邪恶迪迦那恐怖的力量时，强行压下了夺取的欲望。
它很清楚，一旦在那种情况下暴露自己，很可能会成为被两方集火围攻的目标，那无异于自取灭亡。
而现在，邪恶迪迦已经失败，初号机和二号机都因刚刚的战斗而有所消耗，驾驶员的精神都处于一种战后的疲惫与松懈之中。
这，就是最完美的时机！
“滋滋滋……”
比佐摩的细胞，如同拥有生命的病毒，沿着初号机的机械结构疯狂蔓延，它的目标明确——驾驶员所在的插入栓！
它要夺取这具完美的躯体！
NERV指挥中心，观察员第一时间发现了这恐怖的数据变化。
“天哪！初号机的同步率……突然飙升到200%了！还在上升！300%！400%！”
“神经脉冲模式异常！这不是苏博士的脑波！初号机被……被什么东西入侵了！”
所有人都被眼前的情况惊呆了。
驾驶舱内，苏启的额头渗出了一层细密的冷汗，他发现自己已经彻底无法控制初号机了。
他能感觉到，一股冰冷的、充满了贪婪与占有欲的陌生意识，正在通过插入栓，疯狂地涌入初号机的每一个角落，试图将这具强大的身躯，变成它自己的巢穴。
“这种特性。。。。。。难道是。。。。。。比佐摩？！”苏启大脑急速转动，在排除了一个个可能性后，他终于想到了原因。
“该死！”他还是大意了！
在被彻底“踢出”驾驶系统的前一秒，他用尽最后一丝权限，对着通讯器嘶吼出最后的警告：
“阿斯卡！快退后！离我远一点！！！”
“博士？！”
二号机驾驶舱内，阿斯卡还未反应过来，便看到前方的初号机，动作猛地一僵。