《雨夜下的秘密》主要围绕着乡村支教老师李陌寻和长期被酗酒父亲家暴的少年赵昭的故事展开。
李陌寻因为性向原因，不想和市长的女儿结婚，与父母闹掰，于是只身来到梦梧村支教。他恰好租住的房子在赵昭家楼上，村子里自建的三层小屋，并不隔音。
于是李陌寻总能听见楼下男人的咒骂和皮肉抽打的声音。他对那个总是一声不吭的少年产生了好奇。终于在一次下学，偶然的机会，在上楼的楼梯拐角遇到了十六岁的赵昭。
赵昭有着如同狼一般凶狠的眼神，看着来人。他脸上是青青紫紫的伤痕，但他的眼睛很亮，在没有灯光的楼梯过道里，像是两颗蒙尘的宝石。
“你没事吧？”
一个很温柔的男人。
这是赵昭对李陌寻的第一印象。
赵昭早就听说村子里来了一位新的老师，只是从没想过这人就住在自己的楼上。
赵昭很早就辍学，没读过什么书，在村子里的刘老头那里做学徒，刘老头是村子里剃头修面的师傅。
李陌寻并没有被赵昭凶狠的眼神吓到，而是从他身边经过，回了自己的住处。
楼梯间好像也恢复了平静，赵昭抱着自己的膝盖，埋头其间。
可是很快李陌寻又再次回来。
“你脸上的伤不需要处理一下吗？”李陌寻笑着，镜片后的眼神也带着温柔的笑意，他扬了扬手里的创可贴，“不过我只有这个，希望你不要嫌弃。”
一个带着小狗图案的创可贴，李陌寻看着他笑出了声。
而赵昭歪着头，眼神疑惑地看着他。
这真的是一个很温柔的人。
这是他们的第一次见面。
那之后他们见面的次数渐渐多了起来，小小的楼梯好像成了他们的秘密基地。
他们渐渐熟悉，再又一次赵昭被父亲打了之后，没地方去。他枯坐在楼梯口，想着大概很快就可以见到李陌寻了。
这样想着，心情好像就没有那么糟糕。
如同往常一样，李陌寻什么都没问，帮他简单处理了一下伤口，他们就这样静静在楼梯口并肩坐着。
但这次却有些不同，李陌寻转身的时候，赵昭拉住了他的袖子，抬眸，那双眼睛漆黑又明亮，他说，“我没地方去。”
赵昭进了李陌寻的家，霸占了李陌寻的沙发。少年的身量已经很高，眉眼凌厉，却在看向李陌寻的时候眼神柔和。
之后的很长一段时间，他们都是这样。
李陌寻会把赵昭带回家，给他治愈伤口，他们会窝在沙发看同一本诗集。
李陌寻说，“我最喜欢顾城的一首诗：黑夜给了我一双黑色的眼睛，我去用来寻找光明。”
他说，“昭昭，你的眼睛就是黑色的，很好看。”
你就是我要寻找的光明。
赵昭在心里默默道。
少年的眼睛永远明亮，或许就是这样青涩真挚又带着依赖的目光，让李陌寻渐渐对少年产生了不一样的情绪，他在心里暗自唾弃着。
对赵昭来说，和李陌寻在一起的时间无疑是最快乐的。
可是这样美好的日子最终还是被打破。
一个暴雨夜，赵昭的父亲又打了他。男孩奋起反抗的同时，不小心砸了父亲的头，流了很多血。